28 listopada 2011 roku wykładowcy Wyższego Seminarium Duchownego Franciszkanów im. Św. Maksymiliana Marii Kolbego w Krakowie wyrazili pragnienie powołania Franciszkańskiego Towarzystwa Naukowego. Pomysł wynikał z naukowych zainteresowań braci oraz z Konstytucji Zakonu Braci Mniejszych Konwentualnych, które zachęcają do „popierania działalności i badań naukowych przede wszystkim w dziedzinie życia i doktryny franciszkańskiej” (137 § 1; por. 138 § 4).

Towarzystwo Naukowe postawiło sobie następujące cele:

• prowadzenie, popieranie i popularyzacja badań naukowych, szczególnie na polu nauk humanistycznych, społecznych i teologicznych;
• wspieranie wszelkich służących temu działań społecznych i kulturalnych;
• integracja środowiska naukowego skupionego wokół Zakonu Braci Mniejszych Konwentualnych w Polsce.

29 września 2017 r. zainteresowani franciszkanie potwierdzili wolę realizacji tego pomysłu, a 22 listopada 2017 r. wystosowali prośbę do Ministra Prowincjalnego o formalną erekcję Franciszkańskiego Towarzystwa Naukowego. Przychylając się do tej prośby, dekretem z dnia 18 maja 2018 r. Minister Prowincjalny o. Marian Gołąb erygował Franciszkańskie Towarzystwo Naukowe w ramach prowincji św. Antoniego Padewskiego i bł. Jakuba Strzemię jako publiczne stowarzyszenie wiernych.

Obecnie FTN działa na polu naukowym, zajmując się popularyzacją myśli i dziedzictwa franciszkańskiego poprzez sympozja i konferencje oraz publikacje naukowe i popularnonaukowe w czasopiśmie Towarzystwa W nurcie franciszkańskim.